Strand-seq je u početku predložen kao alat za otkrivanje sestrinskih kromatidnih razmjena. Budući da je akcija lokalizirana na pojedinim stanicama, sekvenciranje DNA više od jedne stanice apsolutno bi raspršilo ove efekte i sugeriralo nepostojanje događaja na SCE. Pored toga, klasične tehnike jednorednih sekvence nisu u stanju prikazati ove događaje zbog heterogenih pojačanja i pojačavanja podataka dvokandirajućih kontakata, što zahtijeva potrebu za slijeđenjem. Koristeći informacije o referentnom poravnanju, istraživači mogu otkriti SCE ako se promijeni smjer naslijeđenog predloška predloška.
Identificiranje neispravno kontiga
Pogrešno su kontigi prisutni u referentnim genima sa značajnom brzinom (npr. 1% u mišem referentnom genomu). Strand-seq, iako do konvencionalnih metoda sljeđivanja, može otkriti ove pogreške. Prisutan je pogrešno kontig, gdje se nasljeđivanje niti mijenja iz jednog homozigotnog stanja u drugo (npr. WW u CC ili CC u WW). Uz to, ova promjena stanja vidljiva je u svakoj Strand-seq biblioteci, pojačavajući prisutnost pogrešno usmjerenog kontiga.
Slika 263A | Izlaz BAIT, s prikazom očitanih očitavanja i za Watson (W, zelenu) i Crick (C, plavu) nit. Svaka odčitana traka za nabrajanje prikazuje broj analiza usklađenih s određenim kantama od 200 kb referentnog genoma. Odavde se zaključuje nasljeđivanje roditeljskog predloška. Primjerice, ako su obje kopije kromosomskog segmenta od 200 kilograma u kćernoj stanici sintetizirane iz pramenova Watson-ovog predloška u matičnoj stanici, to bi bilo predstavljeno velikom zelenom trakom koja označava čisto W poravnavanje u toj kromosomskoj regiji. Također, prebacivanja između homozigotnih i heterozigotnih stanja nasljeđivanja šablonskih nizova tumače se kao sestrinske razmjene kromatida (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
Primjedbe
Objavi komentar