MNase-seq je jedna od četiri glavne metode (DNase-seq, MNase-seq, FAIRE-seq i ATAC-seq) za izravnije određivanje dostupnosti kromatina i naknadnih posljedica za ekspresiju gena. Sve su četiri tehnike u kontrastu s ChIP-seq, koji se oslanja na zaključak da su neke oznake na repovima histone indikativne za aktiviranje gena ili represiju, a ne izravno procjenjuju nukleozomsko pozicioniranje, već su vrijedne za procjenu modifikatora histone enzimska usluga.
DNase-seq
Kao i kod MNase-seq, DNase-seq je razvijen kombiniranjem postojeće DNA endonukleaze s tehnologijom sekvenciranja nove generacije za ispitivanje dostupnosti kromatina. Obje tehnike korištene su u nekoliko eukariota kako bi se utvrdile informacije o pozicioniranju nukleozoma u dotičnim organizmima, a obje se oslanjaju na isti princip digestije otvorenim DNA da bi se izolirale ~ 140bp pojasevi DNA iz nukleozoma ili kraćih traka ako se utvrdi informacija o faktorima kopiranja, Obje su tehnike nedavno optimizirane za jednostanične sekvence, što ispravlja jedan od glavnih nedostataka obje tehnike; to je zahtjev za visokim unosom ćelija.
Slika 218A | Tehničke primjene MNase u slijedu | Omerriya / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:MNASE_application.png) from Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Primjedbe
Objavi komentar