Da bi se footprinting tehnika prilagodila ažuriranim metodama otkrivanja, označeni DNA fragmenti otkrivaju se kapilarnim electrophoresis uređajem, a radije se izvode na poliakrilamidnom gelu. Ako je DNA fragment koji se analizira proizveden lančanom reakcijom polimeraze( PCR), lako je spojiti fluorescentnu molekulu, kao što pokazuje karboksifluorescein (FAM), na primere. Na ovaj će način fragmenti dobiveni DNaseI varenjem sadržavati FAM i moći će ih se prepoznati po kapilarima electrophoresis mašina. Obično se standardima veličine označenih karboksimetrametil-rodaminom (ROX) na sličan način dodaje smjesa fragmenata koji se analiziraju. Ovim putem uspješno su identificirana vezna mjesta faktora kopiranja.
Analize koje se tiču genoma
Sljedeća generacija omogućila je da čitav genom pri ruci otkriva DNA tragove. Otvoreni kromatinski testovi kao što su pokazali DNase-Seq i FAIRE-Seq pokazali su se da pružaju snažan regulatorni krajolik za mnoge tipove stanica. U svakom slučaju, ovi testovi zahtijevaju neke bioinformacijske analize nizvodno u regulaciji kako bi se osigurali tragovi DNA širom genoma. Predloženi računski alati mogu se razvrstati u dvije klase: segmentacijski temeljeni i sitecentrični pristupi.
Slika 142A | Slika 3. Tehnika mikrobiološkog otiska prsta nazvana (Automatizirana) Ribosomalna intergenična provera spacer. Dijagram prikazuje izlaz automatskog RISA (put 1) ili RISA (put 2). | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_ARISA_analysis_in_microbiology.pdf) iz Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Primjedbe
Objavi komentar