Denaturirajući gradijent gel electrophoresis ( DGGE) tehnika je mikrobiološkog otiska prsta koji odvaja amplikone otprilike iste veličine na temelju svojstava pridruživanja (slika 2). Ova svojstva diktiraju prag na kojem DNA denatura. DGGE gel koristi gradijent DNA denaturaciju (smjesa ureje i formamida), ili linearnog gradijenta temperature. Kad fragment dosegne svoju talište (prag dovoljno denaturanta), prestaje se kretati. To je zbog činjenice da djelomično rastopljeni dvolančani DNA više ne može migrirati kroz gel. GC stezaljka (oko 40 baza s visokim sadržajem GC) koristi se kao specijalni temeljni premaz za sidrenje PCR fragmenti zajedno nakon što su ih denaturirali.
Izlaz i interpretacija podataka
Svaka traka na gelu predstavlja jednu zajednicu mikroba. Dijeljene trake među uzorcima su iste veličine i otprilike iste pozicije na gelu. Varijante gena koje se ne dijele među uzorcima mikrobne zajednice ne podudaraju se horizontalno s drugima. Kao što je prikazano na primjer, ako gen koji zanima je 16S rRNA, kao što je to bio slučaj kad je tehnika opisana prvi put, fragmenti pojačani PCR-om bit će na istoj vertikalnoj lokaciji s obzirom da su svi približno iste veličine. Drugi objektivni geni mogu imati veće varijacije u duljini, ali gradijent denaturanta koristi drugi element (talište) za otkrivanje između uzoraka. DGGE gel odvojiti gena iste veličine na temelju baze ulančavanje.
Slika 140A | Slika 1. Koraci fragmenta ograničenja terminala Length Polymorphism ispitivanja za jednu zajednicu mikroba s 3 filotipa | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_T-RFLP_analysis_in_microbiology.pdf) iz Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Primjedbe
Objavi komentar