DNA sekvence vezane na određeni protein mogu se izolirati imunoprecipitiranjem tog proteina (ChIP), ti se fragmenti mogu zatim hibridizirati do microarray (poput pločice s nizom) koji omogućuje određivanje popunjenosti mjesta vezivanja proteina u genomu. Primjer proteina za imunoprecipitat su modifikacije histone (H3K27me3, H3K4me2, H3K9me3, itd.), Protein iz skupine polikomba (PRC2: Suz12, PRC1: YY1) i protein iz skupine tritoraks (Ash1) za proučavanje epigenetskog krajolika ili RNA Polimeraza II za proučavanje krajolika kopiranja.
DamID
Analogno ChIP-u, genomske regije povezane proteinima od interesa mogu se izolirati i koristiti za ispitivanje microarray za određivanje popunjenosti mjesta vezivanja. Za razliku od ChIP-a, DamID ne zahtijeva antitijela, ali koristi metilaciju adenina u blizini mjesta vezivanja proteina da bi selektivno ojačao te regije, uvedene ekspresijom minutnih količina proteina od interesa koji je spojen s bakterijskom DNA adenin metiltransferazom.
Slika 146A | Dva Affymetrix čipa. Podudaranje je prikazano u donjem lijevom kutu radi usporedbe veličine. | Nije dostavljen autor čitljiv autor. Schutz pretpostavlja (na temelju tvrdnji o autorskim pravima). / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Affymetrix-microarray.jpg) iz Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Primjedbe
Objavi komentar